分子篩（凝膠過濾層析）蛋白純化系統的優缺點
分子篩定義：
 
分子篩層析，又稱為凝膠過濾層析或體積排阻層析。分子篩層析是利用有一定孔徑范圍的多孔凝膠作為固定相，對混合物中各組分按分子大小進行分離的層析技術。具有分子篩作用的物質很多，如浮石、瓊脂、瓊脂糖、聚乙烯醇、聚丙烯酰胺、葡聚糖凝膠等。
 
避開原因一：工藝放大困難
分子篩層析無法遵循線性放大原則，即使遵循柱床高度不變的原則，工藝流速如何進行調整，也是需要面臨的問題。為保證良好的分離效果，分子篩層析需要求相對較高的裝填高度，然而裝填高度偏高，反壓也勢必會偏高。由于層析填料的耐壓有限，在保證不超壓的前提下，工藝流速會明顯受限，這會使得整個純化過程時間漫長。
 
避開原因二：層析柱裝填困難
在進行層析柱裝填時，勻漿液濃度需要在一定的范圍內（50%-70%），方可保證沉降均勻、柱效良好，這對層析柱的規格選型有著特殊要求。高度100 cm的層析柱，在勻漿濃度50%-70%時，假設壓縮系數為1.15，則實際使用高度為43.5-60.9 cm，這往往無法達到某些使用者的要求。若選配裝柱器，并考慮柱頭所占空間，這要求實驗空間需高度充足。若考慮將2根層析柱串聯使用，則要求2根層析柱的柱效相當，才可保證分離效果良好，這對裝填技術也有著較高要求。
 
避開原因三：測定柱效困難
常規柱效測定方法，要求平衡1.5-2 CV，進樣后，洗脫至出峰（參考值：2 CV），流速30 cm/h。若假設裝填高度為60 cm，平衡、洗脫體積總計3.5 CV，經計算，測定一次柱效，需耗時7小時。可以想象，當發現柱效不理想，需要重新裝填并測定柱效時，過程是很繁瑣、耗時的。
 
避開原因四：維護保養操作困難
當層析柱使用完畢，用20%乙醇保存時，同樣也很耗時。而且當再次使用時，用水將20%乙醇置換走，一般需要3 CV以上，而且由于該過程反壓較大，通常還需要降低流速進行。

總之，采用分子篩層析，各個環節都很繁瑣、耗時，因此，在進行層析工藝設計時，要盡量避開分子篩層析。