蛋白質純化系統作為一種以層析技術為基礎的科學儀器主要應用于復雜生物樣品目標蛋白質的分離和純化。它通過模塊化設計整合了色譜柱、輸液泵、檢測器及控制系統，支持多種層析技術（例如，凝膠過濾，離子交換，親和層析等），可實現從微克到克級樣品的自動化純化。該系統一般配有雙柱塞泵，連續波長（190-740nm）紫外檢測器和電導檢測器等設備，可對蛋白質洗脫過程進行實時監控，支持以時間，滴數或者峰值模式進行樣品的自動采集。