全自動凝膠成像分析系統主要基于凝膠電泳技術，通過電泳將生物分子分離成不同大小的片段。凝膠電泳的原理是在電場的作用下，帶電分子在凝膠介質中移動，根據其電荷量和分子大小的不同而分離成不同位置的帶電粒子。這些粒子在凝膠中形成不同的條帶，通過成像系統對這些條帶進行分析，可以得到分子的大小、電荷量等基本信息。

全自動凝膠成像分析系統主要包括凝膠電泳儀、凝膠染色機、凝膠掃描儀和數據分析軟件等組成。凝膠電泳儀用于將生物分子分離成不同大小的片段，凝膠染色機用于對凝膠中的生物分子進行染色，凝膠掃描儀用于將凝膠中的分子成像并轉化為數字信號，數據分析軟件用于對數據進行處理和分析。